單細胞質控聯盟暨第一次“單細胞質控研討會”召開
2022 年 01月13日 上海伯豪生物技術有限公司官網消息，“單細胞質控聯盟”成立儀式｜暨第一次：“單細胞質控研討會”順利召開！
2022 年 1 月 13 號，由蘇州思萃免疫研究所主辦，及智（蘇州）醫學技術公司協辦，聯合 10X Genomics、BD、 伯豪生物、 新格元、歐易生物、諾禾致源、百奧智匯，以及復旦附屬金山醫院、上海市仁濟醫院、上海市免疫學研究所的多位專家教授，共同發起的單細胞質控聯盟成立儀式暨 2022 第一次單細胞質控研討會，在上�？茖W會堂思南樓圓滿落幕。
本次研討會圍繞單細胞行業的現實痛點，以及未來單細胞行業發展趨勢、數據產生過程中的諸多質控細節，進行了深入討論。并邀請了科技服務公司的技術負責人、單細胞領域的專家學者進行發言和總結。
在本次會議上，上海市免疫學研究所所長蘇冰老師先做致辭，蘇老師提及了單細胞技術在免疫學研究領域的各種應用范疇，以及免疫細胞 Marker 的發展歷程，希望各位同道以此次細胞質控研討會為契機，將單細胞質控的各項指標逐漸形成行業標準，使單細胞行業更加健康的發展。
及智醫學公司負責人程小濤作了單細胞行業的行業發展預測，首先總結了 2017 年以來的國內單細胞年樣品數據總產出，預測 2022 年預計國內產出 10-12 萬例單細胞數據，未來幾年可能更多會應用于藥物研發、農林、臨床檢測等領域。同時，結合自身多年的從業經驗，指出，組織的豐富來源，懸液制備方法的多種多樣，細胞捕獲不均一，選擇抽核方法還是懸液方法，以及空間轉錄組的腫瘤邊界預測、單細胞售后服務等，均成為科技服務公司普遍面臨的困難。因此，需要作為數據生產方的科研服務公司，以及擁有較多真實數據處理經驗的研究團隊，共同來將這些面臨的困難總結、整理，形成行之有效的經驗，為科研界做分享。
單細胞算法開發和應用專家 / 上海市免疫學研究所葉幼瓊研究員做了單細胞及空間轉錄測序的質控的報告，她總結了目前單細胞質控中常用的批次矯正、雙細胞檢測等 115 個工具，并根據她之前的分析經驗，指出不同組織、不同細胞類型、不同疾病狀態等條件下，線粒體基因數的過濾設置也是極具個性化。在空間轉錄組的數據質控中，她提出過渡透化或者透化不當，會對空轉數據影響比較大，并分享了她整理的空間轉錄組透化經驗，以及組織內的空 spot 去除小工具，諸多算法、實驗相關的干貨細節得到了與會科服公司的一致認同。
在自由討論環節， 參會的各企業代表人： 分別在各自的角度作了發言，總結如下：
1，單細胞質控中，比較關鍵的是從前期的樣品采集開始，樣品采集部位、運輸條件、懸液制備方法（比如為了獲得更好的解離效果而使用多種酶）、抽核方法、空間轉錄組的透化條件等，均對單細胞數據影響比較大。具有豐富的單細胞實驗經驗與數據分析經驗的齊晶晶博士指出，以結直腸癌，胰腺癌為例，不同組織硬度不同，其所使用酶種類、濃度及消化時間均不同；此外，硬度大的組織需考慮細胞碎片對細胞捕獲率的影響，以及產生的 Ambient RNA 對后續細胞注釋時，Marker 基因污染的影響。專家顧問團成員，同時也是作為第一作者發表過 Nature 文章的伍寧波研究員指出，單細胞技術和流式技術還是有較大的區別，針對免疫細胞的單細胞項目，在樣品量充足的情況下（如小鼠樣品），可以先做流式鑒定，在做單細胞測序，兩種技術結合起來可以挖掘到更真實準確的數據。與會的多位企業負責人也分享了某些特定組織類型的細胞捕獲率不均一的問題，并指出這些類型的組織確實存在捕獲率過低的現象，這一經驗的分享，也同樣再次得到了與會科服公司的認同！
2，在數據分析層面，鄒欣研究員指出：單細胞批次矯正方法會對單細胞的后期分析影響比較大，矯正過渡會導致組間差異基因的丟失，因此不同組織批次矯正算法的選擇，也是一個非常重要的細節。鐘怡研究員分享了某種組織的某個特定 T 細胞亞群丟失的問題，此類研究也是作為一種超出目前免疫認知的單細胞數據現象，引起了與會專家的共鳴。
3，在單細胞質控聯盟成立方面，與會專家、企業負責人共同表示，單細胞未來發展市場潛力巨大，但是確實由于組織異質性的問題，導致數據產出、數據分析面臨較多難點。因此，現階段仍然處于行業發展的早期階段，需要科技服務公司，與專家顧問團共同分享實操經驗。葉幼瓊研究員尤其提出，專業的生物信息學開發人員，有責任開發更好的整合算法，將單細胞質控的細節囊括其中，為科研界做出切實的貢獻！思萃免疫所負責人梁輝博士指出，單細胞質控的工作量巨大，思萃免疫所會全力支持單細胞質控聯盟的成立與后續活動開展。
該次研討會標志著“單細胞質控聯盟”的成立，下一步聯盟的專家團隊會通過線上線下會議，匯總目前在分析過程中遇到的較多現實問題，與聯盟成員的科技服務公司分享，通過密切交流，形成單細胞質控參考，使得單細胞用戶能夠更清晰的掌握樣品信息，最終提升科技服務公司的項目成功率，并為用戶提供更好的數據分析的解決方案。在“單細胞質控聯盟”工作過程中形成的行業質控范圍共識，最終通過行業經驗、行業標準、科研論文等形式發布，為從事單細胞的企業和科研工作者的數據質控提供參考和依據。
上海伯豪生物技術有限公司
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｜單細胞測序｜單細胞RNA測序｜單細胞ATAC測序｜單細胞TCR/BCR測序｜單細胞核測序｜空間轉錄組測序｜
本次研討會圍繞單細胞行業的現實痛點，以及未來單細胞行業發展趨勢、數據產生過程中的諸多質控細節，進行了深入討論。并邀請了科技服務公司的技術負責人、單細胞領域的專家學者進行發言和總結。
在本次會議上，上海市免疫學研究所所長蘇冰老師先做致辭，蘇老師提及了單細胞技術在免疫學研究領域的各種應用范疇，以及免疫細胞 Marker 的發展歷程，希望各位同道以此次細胞質控研討會為契機，將單細胞質控的各項指標逐漸形成行業標準，使單細胞行業更加健康的發展。
及智醫學公司負責人程小濤作了單細胞行業的行業發展預測，首先總結了 2017 年以來的國內單細胞年樣品數據總產出，預測 2022 年預計國內產出 10-12 萬例單細胞數據，未來幾年可能更多會應用于藥物研發、農林、臨床檢測等領域。同時，結合自身多年的從業經驗，指出，組織的豐富來源，懸液制備方法的多種多樣，細胞捕獲不均一，選擇抽核方法還是懸液方法，以及空間轉錄組的腫瘤邊界預測、單細胞售后服務等，均成為科技服務公司普遍面臨的困難。因此，需要作為數據生產方的科研服務公司，以及擁有較多真實數據處理經驗的研究團隊，共同來將這些面臨的困難總結、整理，形成行之有效的經驗，為科研界做分享。
1，單細胞質控中，比較關鍵的是從前期的樣品采集開始，樣品采集部位、運輸條件、懸液制備方法（比如為了獲得更好的解離效果而使用多種酶）、抽核方法、空間轉錄組的透化條件等，均對單細胞數據影響比較大。具有豐富的單細胞實驗經驗與數據分析經驗的齊晶晶博士指出，以結直腸癌，胰腺癌為例，不同組織硬度不同，其所使用酶種類、濃度及消化時間均不同；此外，硬度大的組織需考慮細胞碎片對細胞捕獲率的影響，以及產生的 Ambient RNA 對后續細胞注釋時，Marker 基因污染的影響。專家顧問團成員，同時也是作為第一作者發表過 Nature 文章的伍寧波研究員指出，單細胞技術和流式技術還是有較大的區別，針對免疫細胞的單細胞項目，在樣品量充足的情況下（如小鼠樣品），可以先做流式鑒定，在做單細胞測序，兩種技術結合起來可以挖掘到更真實準確的數據。與會的多位企業負責人也分享了某些特定組織類型的細胞捕獲率不均一的問題，并指出這些類型的組織確實存在捕獲率過低的現象，這一經驗的分享，也同樣再次得到了與會科服公司的認同！
2，在數據分析層面，鄒欣研究員指出：單細胞批次矯正方法會對單細胞的后期分析影響比較大，矯正過渡會導致組間差異基因的丟失，因此不同組織批次矯正算法的選擇，也是一個非常重要的細節。鐘怡研究員分享了某種組織的某個特定 T 細胞亞群丟失的問題，此類研究也是作為一種超出目前免疫認知的單細胞數據現象，引起了與會專家的共鳴。
3，在單細胞質控聯盟成立方面，與會專家、企業負責人共同表示，單細胞未來發展市場潛力巨大，但是確實由于組織異質性的問題，導致數據產出、數據分析面臨較多難點。因此，現階段仍然處于行業發展的早期階段，需要科技服務公司，與專家顧問團共同分享實操經驗。葉幼瓊研究員尤其提出，專業的生物信息學開發人員，有責任開發更好的整合算法，將單細胞質控的細節囊括其中，為科研界做出切實的貢獻！思萃免疫所負責人梁輝博士指出，單細胞質控的工作量巨大，思萃免疫所會全力支持單細胞質控聯盟的成立與后續活動開展。
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