裝訂好的標本，經定名后，都應放入標本柜中保存，標本柜應有專門的標本室放置，注意干燥、防蛀（放入樟腦丸等除蟲劑）。標本室中的標本應按一定的順序排列，科通常按分類系統排列，也有按地區排列或按科名拉丁字母的順序排列；屬、種一般按學名的拉丁字母順序排列。

為防止害蟲蛀食標本，必需進行消毒，通常用升汞（即氯化汞（HgCl2），有劇毒，操作時需特別小心）配制0.5%的酒精溶液，傾入平底盆內，將標本浸入溶液處理1——2分鐘，再拿出夾入吸濕草紙內干燥。此外，也可用敵畏、二硫化碳或其他藥劑熏蒸消毒殺蟲。

在保存過程中也會發生蟲害，如標本室不夠干燥還會發霉，因此必須經常檢查。對標本造成危害的昆蟲有約材竊蠹、煙草竊蠹、西洋衣魚、線形薪甲、書虱、地毯甲蟲等，非昆蟲有害生物有螨類、霉菌等。蟲害和霉變的防治可從三方面著手。

1.隔絕蟲源。包括門、窗安裝紗網；標本柜的門能緊密關閉；新標本或借出歸還的標本入柜前根嚴格消毒殺蟲。

2.環境條件的控制。標本室溫度應保持在20-23℃，濕度在40-60%左右，環境衛生。

3.定期薰蒸。每隔2-3年或在發現蟲害時，采用藥物薰蒸的辦法滅蟲，常用藥品有甲基溴、磷化氫、磷化鋁、環氧乙烷等。但這些藥品均有很強的毒性，應請專業人員操作或在其指導下進行。此外，也可用除蟲菊和硅石粉混合制成的殺蟲粉隊除蟲，毒性低，不殘留，比較安全。在標本柜內放置樟腦能有效地防止標本的蟲害。

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