1 毛細管區帶電泳（Capillary Zone Electroporesis，CZE）

分離原理：毛細管區帶電泳出稱為自由溶液毛細管電泳，是毛細管電泳是最簡單的一種形式。其分離機理是基于各被物質的凈電荷與質量之間比值的差異，不同離子按照各自表面電荷密度的差異，以不同的速度在中解質中移動而導致分離，它要求緩沖液具有均一性，毛細管內各處具有恒定的電場強度，是目前應用最廣的一種分離模式。適用于蛋白質、氨基酸、多肽類和離子的分析。毛細管中除電解液外，無需填充任何物質，操作容易，自動化程度高。

2 毛細管凝膠電泳（Capillary Gel Electrophoresis，CGE）

分離原理：凝膠電泳是凝膠移到毛細管中用為支撐物進行分離的區帶電泳。凝膠是一種固態的分散的體系。具有多孔性，類似于分子篩的作用，被分離物在通過裝入毛細管內的凝膠力，按照各自分子的體積大小逐一分離，分子體積大的首先被分離出來，適用于生物大分子的分析，可純粹按分子體種大小進行分離（SDS-PAGE），以決定蛋白質的分子量，可以識別一個堿基差異的寡核苷酸，可分離DNA片段，如微衛星（STR）分析，可改變凝膠的濃度不控制分離的范圍，如PCR產物的分析。

3  膠束電動毛細管色譜（Micellar Electrokinetic Capillary Chromatography，MECC）

分離原理：是電泳技術和色譜技術的交叉，當把離子型表面活性劑加入緩沖液中，并且其濃度足夠大時，這種表面活性劑的單體就結合在一起，形成球體（膠束）。目前以十二烷基磺酸鈉（SDS）膠束用的最為普遍，MECC存在二個相之間分配，由于它們在膠束中具有保留能力而產生不同的保留時間，和CZE一增，緩沖液在管壁處形成正電，產生強烈的向負極方向移動的最滲流，面SDS膠束由于外殼帶負電性，具有向正極遷移的傾向，一般電滲流的速度＞膠束向正極遷移速度，迫使膠束最終以較低的速度向負極移動。中性粒子之間的分離是根據其本身的疏水性的不同而達到的，不同疏水性的粒子和膠束的相互作用不同。疏水性強的作用力大，保留的時間長。

MECC是目前惟一既能分離中性離子又能分離帶電組分的HPCE模式。

4 等電聚焦電泳（Isoelectric Focusing，IEF）

分離原理：兩性電解質在分離介質中的遷移，在毛細管內形成pH梯度，各種具有不同等電點的多肽和蛋白質按照這一梯度遷移到其不同的等電位置并停下，由此產生一條非常窄的聚焦區帶，利用等電點的細微差異進行分離，將不同的蛋白質聚焦在不同的位置上后，陰極的緩沖液換成鹽類，再加上高壓，使末端引起梯度降低，讓組分一個個通過檢測器可求得精確的等電點。

5 等速聚焦電泳（Isotachophoresis，ITP）

分離原理：在被分離組分與電解質一起向前移動的同時進行聚焦分離的電泳方法，與IEF一樣，ITP在毛細管中的電滲流為零，緩沖系統由前后兩種不同淌度的電解質組成，分離時毛細管內首先導入尾隨電解質（淌度低于被分離組分）。在強電場的作用下，各被分離組分在兩種電解質之間的空隙是發生聚焦分離。

選擇處理或未處理硅交毛細管均右，電滲流可用0.25%羥脯氨酰甲本纖維抑制.前導電解質:5nM磷酸,尾隨電解質:纈氨酸,在分離開始時,電流會由于高淌度的電解質完全充滿毛細管而迅速增大,進入分離過程時,電流會隨著低淌度的電解質進入毛細管而下降.

6 毛細管電色譜(capillary electrochromatography,CEC)

分離原理:是將高效液相色譜眾多的固定相填沖到毛細管中,以樣品與固定相間的相互作用為分離機制,以電流流相為驅動力的色譜過程.

7 親和毛細管電泳(affinity capillary electrkphoresis,ACE)

分離原理:在電泳過程中具有生物專一性親和力,即受體(recepror)和配體(ligand)相互間發生的特異親和作用.形成了受體的配體的復合物.對受體和配體在發生親和作用前后的電泳圖譜變化,可獲得有關受體和配體親和力大小結構變化作用產物等方面的信息.

8 電動色譜(electrokinetic chromatography,EKC)

分離原理:是根據電動現象命名的一種電泳模式,涉及電滲,電泳和色譜三方面的原理,主要用于手性化合物的分離.

9 非水相毛細管電泳(non-aqueous capillary electrphoresis,NACE)

分離原理:是分析物在有機溶劑中進行電泳分離的一種模式,使用非水相介質可增加方法的選擇性,并有利于非水溶性物質的分離.