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SCIENION高精度噴點設(shè)備在生成高多樣性液滴文庫中的應(yīng)用

瀏覽次數(shù):1872 發(fā)布日期:2022-2-14  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負


微流控技術(shù)的應(yīng)用,包括組合化學(xué)合成、DNA編碼文庫和大規(guī)模多重PCR,需要由許多封裝在單獨液滴中的試劑組成的液滴文庫。然而,現(xiàn)有的生成它們的方法既費力又不切實際。這里描述了一種使用標準化噴點設(shè)備的自動化方法。該方法可以在微流控設(shè)備手動操作的一小部分時間內(nèi)控制乳化數(shù)百種不同的試劑,且無需任何用戶干預(yù)。我們證明,由spotter產(chǎn)生的液滴與微流體產(chǎn)生的液滴具有相似的均勻性,并在約4h內(nèi)自動生成含有192種不同試劑的約2mL乳液。它可以很容易地生成高度多樣性的液滴庫,這將使組合應(yīng)用在液滴微流控中更加可行。此外,該儀器作為一個自動液滴發(fā)生器,允許在沒有微流控專業(yè)知識的情況下執(zhí)行液滴反應(yīng)。

液滴微流體使用微米級油包水乳液,以高通量和最少的試劑進行分析。這些特性使得傳統(tǒng)的基于移液管的液體處理難以或不可能應(yīng)用。液滴微流控技術(shù)最成功的應(yīng)用是高通量生物測定法,它可以分析大量的離散成分,如DNA分子、功能化b eads或細胞。例如,在酶篩選中,樣本可以由表達文庫變體的微生物組成,而在單細胞基因組學(xué)中,樣本可以由具有獨特分子特征的細胞組成。在此類應(yīng)用中,含有不同離散成分但試劑條件一致的液滴允許高通量定量分析。例如,統(tǒng)一的催化測量可以根據(jù)活性對酶變體進行評分,而統(tǒng)一的反應(yīng)條件可以對數(shù)千個不同的單細胞t轉(zhuǎn)錄體進行編碼和排序。然而,其他應(yīng)用要求液滴內(nèi)的試劑也發(fā)生變化。例如,組合化學(xué)通過在不同組合中混合一組固定的輸入反應(yīng)物來合成化學(xué)庫。類似地,藥物篩選針對模型系統(tǒng)單獨或組合測試數(shù)百種化合物,以獲得所需的反應(yīng)。這種組合應(yīng)用將大大受益于液滴微流體的速度和效率,但由于快速生成不同試劑液滴庫的困難而受到限制。


生成液滴庫的常用策略是按順序乳化每種溶液并匯集產(chǎn)品。然而,當手動執(zhí)行時,該方法僅適用于少量試劑。自動乳化更具可擴展性,但需要與微流控設(shè)備接口的定制機器,而微流控設(shè)備在技術(shù)上具有挑戰(zhàn)性。這兩種方法都受到一個速度的限制,污染是一個主要問題,因為所有溶液都由同一個設(shè)備乳化。并行裝置通過在其自身的滴液器中乳化每種溶液來避免污染,而且速度更快,因為有數(shù)百種裝置可以同時運行。然而,并行裝置很難設(shè)計、制造和操作,并且容易因制造不完善或灰塵堵塞某些滴落器而發(fā)生故障。合成的乳液通常缺少庫中的關(guān)鍵試劑,并且含有大的、多分散的液滴,因此不適合進一步使用。因此,從數(shù)百種不同試劑中生成單分散液滴庫仍然是將液滴微流體應(yīng)用于組合應(yīng)用的主要障礙。
 


圖1。自動液體處理和分配,使用商用空氣滴式打印機生成單分散液滴庫。(a)通過在三步循環(huán)中操作打印機的毛細管噴嘴,對每個樣品進行乳化。1.噴嘴移動到清洗盤,噴嘴中先前的內(nèi)容物被彈出;2.噴嘴移動到樣品板上,吸入幾微升樣品;3.噴嘴移動到油浴中,將液滴噴射到油浴中,然后移動到清洗盤。(b)以這種方式生成的液滴庫是單分散的,類似于微流控裝置生成的液滴庫。

在這篇文章中,我們描述了一種簡單而快速的生成高多樣性液滴庫的方法。我們的方法使用Scienion SciFlexArrayer,一種設(shè)計用于將液滴打印到固體基底上的儀器。相反,我們使用它將液滴分配到一個表面活性劑負載的油浴中,從而生成穩(wěn)定的單分散液滴。由于該儀器是為商業(yè)用途而設(shè)計的,因此它具有生成庫的吸引人的功能,包括與微孔板吸樣區(qū)的自動對接和換樣時噴頭表面的嚴格清洗。壓電液滴發(fā)生器是可控的,允許產(chǎn)生50至800 pL的液滴體積。它的速度很快,可產(chǎn)生高達500 Hz的單分散液滴,因此只需幾小時即可產(chǎn)生數(shù)百種試劑的數(shù)百萬液滴。液滴生成是按需進行的,允許定義最終庫中每種試劑的準確比例。該儀器還可以執(zhí)行通常需要微流控設(shè)備和相關(guān)專業(yè)知識的分析。作為一個例子,我們使用它來進行數(shù)字PCR,盡管其他用于酶篩選、單細胞分析和分析物定量的分析是可行的。這種生成高多樣性液滴庫方法的速度、可靠性和易用該使組合應(yīng)用程序更容易使用。

我們使用這種方法來執(zhí)行數(shù)字液滴PCR(ddPCR),這是一種普遍存在且重要的應(yīng)用,通常需要微流體。進行液滴分析時的一個重要考慮因素是不同溶液的流體性質(zhì)對液滴生成的影響。當使用我們的標準參數(shù)為ddPCR生成液滴時,我們發(fā)現(xiàn)平均直徑相對于水滴增加了23%,變異系數(shù)為4.4%。如果需要,可以通過調(diào)整生成參數(shù)(例如脈沖幅度和寬度),將不同成分的液滴調(diào)整到所需的尺寸。在我們的ddPCR分析中,我們使用ΦX174病毒作為示例靶標,產(chǎn)生不同濃度的液滴來表征動態(tài)范圍和準確性。與陰性對照組相比,當病毒存在時,我們觀察到熒光液滴(圖4d),獲得對應(yīng)于陰性液滴和陽性液滴的雙峰分布(圖4e)。因為我們以有限稀釋度裝載病毒,所以封裝遵循泊松統(tǒng)計。我們使用泊松估計器將每個液滴的DNA分子數(shù)量與陽性液滴的百分比聯(lián)系起來(圖4f)。這表明,使用SciFlexArrayer進行的ddPCR與使用常規(guī)微流體進行的反應(yīng)類似。此外,它還說明了這種方法在沒有微流控專業(yè)知識的情況下進行液滴反應(yīng)的前景。

 
圖4。微滴文庫中封裝的寡核苷酸的擴增。(a)一個由192個Barbodes序列中的一個組成的寡核苷酸庫被封裝在液滴中,該序列兩側(cè)是恒定區(qū)域。(b)乳液中液滴尺寸分布的直方圖。(c)通過針對恒定區(qū)域的引物擴增封裝的寡核苷酸。DNA電泳圖證實了大小合適的cDNA。(d)在明場和熒光中用數(shù)字液滴PCR試劑共同封裝的ΦX174 DNA的顯微照片,用于不含任何ΦX174 DNA的乳液,其中ΦX174 DNA預(yù)計存在于30%的液滴中。(e)30%陽性乳劑液滴內(nèi)熒光強度直方圖。(f) 泊松估計λ作為正液滴p百分比的函數(shù),具有疊加回歸。

SCIENION
SCIENION成立于2001年,總部坐落于德國柏林,是一家專注于在超低液量噴點技術(shù)方面的全球性設(shè)備制造商。至今已成為pl;nl級超微量噴點市場的領(lǐng)先企業(yè),包括單細胞噴點。SCIENION開發(fā)和制造的技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)高精度噴點,應(yīng)用范圍包括用于糖尿病監(jiān)測的生物傳感器POC、微陣列、診斷學(xué)、化合物處理和高通量單細胞基因組學(xué)。其儀器、消耗品和定制產(chǎn)品組合方案服務(wù)均在德國生產(chǎn)及提供,并在全球銷售和交付。
發(fā)布者:Scienion GmbH
聯(lián)系電話:18621709292
E-mail:n.sun@scienion.com

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