蛋白質糖基化
蛋白糖基化的兩個主要類型是N-糖基化（聚糖結合到天冬酰胺）和O-糖基化（聚糖結合到絲氨酸或蘇氨酸），糖基化修飾的聚糖種類繁多。一般來說，N-多聚糖附著在由Asn-X-Ser/Thr組成的特定氨基酸序列基序上，X可以是除脯氨酸外的任何氨基酸。O-多聚糖與絲氨酸或蘇氨酸相連，沒有任何特定的氨基酸序列基序，此外，N-聚糖有一個共同的核心結構，由GlcNAc2Man3組成，而O-聚糖則有多個核心結構。蛋白糖基化分析的目的是確定聚糖基，被修飾的蛋白質，或結合的位點。在一般情況下，糖基化分析，可以使用三種不同的方法，概述如圖1 A：化學或酶解后對釋放的聚糖本身的分析，胰蛋白酶消化后對糖肽的定性，或完整的糖蛋白中對聚糖的定性。
A, 糖基化的質譜測定有三種常用方法：檢測完整的蛋白多糖，檢測胰蛋白酶消化的產物，或檢測釋放的和分離的聚糖。 B, LC-MS檢測小牛血清胎球蛋白，表明 Cc5細菌培養的（下圖）相比于未經處理的（上圖）胎球蛋白的糖基化變化。用胰蛋白酶消化胎球蛋白，然后用LC-MS分析。藍色正方形代表GlcNAc，紅色和綠色的圓形代表Man和Gal, 橙色鉆石形代表
 
糖基化蛋白的鑒定方法
聚糖分析，可以用質譜分析，有時并用高效液相色譜法。糖蛋白首先經過酶（肽N糖苷酶A或F）或化學（hydazinolysis）方法釋放糖基。然后LC/MS直接分析釋放的低聚糖。或者，酶或化學裂解產生可以還原型末端被標上熒光標記，然后通過一些可能的HPLC方法，如親水作用色譜，分析熒光標記的聚糖。
 雖然上述方法能提供特定聚糖的信息，但是這些信息不能鑒定出帶有特定修飾的蛋白質，也不能鑒定出糖基化的結合位點。為了獲得此信息，就要進行蛋白內切酶裂解（如胰蛋白酶消化），LC/MS或HILIC-MS/MS分析糖肽。這種方法提供的信息是帶有特定聚糖分子的所有蛋白質，或者是目標蛋白中聚糖的結合位點 [20] 。例如，圖6B，是 Cc5細菌培養對特定胎球蛋白殘基的糖基化狀態的影響，分析方法是胰蛋白酶消化后，用LC-MS檢測。
 最后，對于有些糖肽，完整蛋白的質譜分析可以提供蛋白質的身份鑒定及其糖基化狀態的數據。然而，這種方法取決于糖肽的生化特性，提供的數據的分辨率水平通常低于前述兩種方法。

糖基化蛋白的分離純化
由于硼酸反應的專一性，硼酸鹽親和材料近年來受到越來越多的關注。已證實硼酸鹽親和材料可以有效分離包括糖蛋白在內的含順式二羥基結構的化合物。硼酸分子與糖鏈上的順式二羥基結構在堿性條件下形成環酯，該生成物在酸性條件下容易水解，反應原理如圖2所示。基于該可逆反應，可利用硼酸鹽親和材料選擇性檢測分離富集糖基化蛋白。