背景知識：

HLS-CATCH技術是利用HLS（來自Sage Science公司的超長核酸片段回收儀）聯合CRISPR-Cas9基因編輯技術，獲取長片段完整基因，長度范圍50kb-400kb。其原理如圖1：（1）在HLS上直接裂解細胞，完整的基因組DNA釋放；（2）使用CRISPR-Cas9基因編輯技術靶向剪切獲取目標長片段DNA；（3）通過HLS直接獲取高質量完整的目標長片段（HMW DNA）。后續可以匹配Nanopore、Pacbio、Illumina等測序平臺進行序列分析。

美國Universal Sequencing Technology公司（簡稱UST）推出的TELL-Seq? 關聯長讀長測序文庫構建技術(Transposase Enzyme Linked Long-read Sequencing)，是一種基于二代測序平臺，可以在單個PCR管中對整個人類基因組實現測序的方法（如圖2）。但是對于研究單一或者少數基因位點的研究者來說，不夠經濟高效。因此，美國Universal Sequencing Technology公司與Sage Science公司聯合TELL-Seq和 HLS-CATCH技術，開發了一種優化的實驗方法：靶向TELL-Seq。即使用HLS-CATCH技術獲取目標基因片段后，再進行TELL-Seq，最大限度地節約測序成本和數據分析時間。

近日，Sage Science公司發布了聯合TELL-Seq與 HLS-CATCH技術在MHC（major histocompatibility complex）基因單倍體分型的案例。

實驗內容：

針對MHC基因座（約4 MB），設計了兩種gRNA方案。第一種按照間隔400kb設計剪切位點，每個剪切位點設計3個gRNA（見圖3紅色框：set3）；第二種方案同樣按照間隔400kb設計剪切位點，但剪切位點與第一種相比偏移200kb（見圖3紫色框：set1）。兩種方案分別在HLS獨立運行，獲取目標400kb片段后，混合進行TELL-Seq。

 

TELL-Seq文庫構建簡單且高效。DNA投入量為1ng，在單個PCR管中3小時即可實現TELL-Seq Linked Read Library構建（圖4）。前期HMW DNA獲取對于后續單倍體分型分析至關重要，高質量且完整的DNA才能精準定位單倍體類型。

實驗結果：

初步結果顯示，經HLS-CATCH技術富集后，獲取的測序數據對于目標MHC基因座具有足夠的覆蓋度（約180×），并且滿足單倍體分型測序數據要求。具體情況如圖5：

通過三代測序數據進行單倍體分型分析，一直具有高挑戰性和高成本的劣勢。而TELL-Seq技術的發展，使得在二代測序平臺上實現單倍體分型成為可能。靶向TELL-Seq是單倍體分型的得力助手，一方面可以獲取高度準確的數據用于分析，另一方面又可以降低成本、檢測周期和DNA投入量。

應用案例鏈接：https://sagescience.com/wp-content/uploads/2022/10/TELL-SEQ-MHC-App-Note.pdf

Sage Science是全球領先的全自動核酸電泳片段回收儀的生產廠家，擁有美國技術專利，各個型號產品可以高效完成不同長度范圍DNA片段的精準回收，廣泛用于二代測序、三代測序以及多種分子生物學相關領域。

環亞生物科技有限公司作為美國Sage Science公司在中國區的獨家代理商，自2011年以來將Sage Science的產品線引入國內，一直為國內用戶提供專業的全自動核酸片段回收系統的安裝測試、應用培訓，技術支持與售后維護工作，贏得客戶的一致好評與信任。環亞生物科技有限公司將一如既往的支持越來越多的Sage Science用戶。

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