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FIDA技術(shù)的應(yīng)用:通過流動誘導(dǎo)分散分析(FIDA)技術(shù)表征構(gòu)象變化

瀏覽次數(shù):911 發(fā)布日期:2024-6-20  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
評估蛋白質(zhì)和結(jié)合物的整體結(jié)構(gòu)變化
· 蛋白質(zhì) - 小分子相互作表征

· 天然條件和微量樣品檢測
· 同時(shí)評估結(jié)合親和力,構(gòu)象變化和絕對大小

介紹
許多生物學(xué)過程通過蛋白與小分子或其他蛋白的相互作用進(jìn)行調(diào)節(jié)。在許多情況下,這些相互作用會引起構(gòu)象變化,該變化直接調(diào)節(jié)活性或提供新的結(jié)合位點(diǎn),以促進(jìn)建立高階復(fù)合物。作為模型系統(tǒng),本次實(shí)驗(yàn)我們使用了細(xì)菌性結(jié)合蛋白超家族的麥芽糖結(jié)合蛋白(MBP)。

MBP是麥芽糖糊精轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)的可溶組分,駐留在革蘭氏陰性細(xì)菌的周質(zhì)中,在該細(xì)菌的周質(zhì)中,它可以將其配體(Maltose,Maltotriose和Maltoheptaose)運(yùn)送到膜結(jié)合的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白復(fù)合物。MBP的配體結(jié)合位點(diǎn)位于兩個(gè)球狀結(jié)構(gòu)域之間。

 

圖1.(a)MBP(42.5 kDa)Apo狀態(tài)(左,開放)以及與Maltose(360 Dalton)結(jié)合形成的麥芽糖結(jié)合態(tài)MBP(右,關(guān)閉);(b)MBP的開放式(淺藍(lán)色)和封閉式(淺粉紅色)結(jié)構(gòu)的對比。

材料和方法
該實(shí)驗(yàn)采用FIDA Neo儀器,480 nm LED熒光檢測模塊(FIDABIO ApS)。 
1. 耗材:FIDA標(biāo)準(zhǔn)毛細(xì)管(i.d.:75 µm,LT:100cm,Leff:84 cm)。
2. 緩沖液:Tris緩沖液pH 7.4(20mm Tris,150mmNaCl,0.05%Tween)。
3. 指示劑:MBP(4.3ug/mL,100nM), MBP用Atto 488 NHS (Sigma Aldrich)標(biāo)記。
4. 分析物:麥芽糖(O-α-D-Glucopyranosyl-D-glucose),0-1000 µM。

通過用分析物填充毛細(xì)管,然后注射指示劑與分析物共孵育混合物,在400 mbar下流經(jīng)探測器進(jìn)行樣品分析。

結(jié)果
麥芽糖會引起麥芽糖結(jié)合蛋白的構(gòu)象變化。
FIDA技術(shù)提供了對流體動力半徑(Rh)的絕對測量,并用于測量與麥芽糖(0.3 kDa)結(jié)合后ATTO488標(biāo)記的MBP(42.5 kDa)的尺寸變化。如圖2A所示,在25°C下繪制了MBP表觀Rh隨麥芽糖濃度(0-1000 µM)變化的函數(shù)曲線。MBP的Rh從2.88nm降低至2.62nm,對應(yīng)于0.26nm的ΔRh,清楚地表明結(jié)合后的結(jié)構(gòu)變化(圖2A)。結(jié)合數(shù)學(xué)模型,通過流體動力半徑(Rh)變化的數(shù)據(jù)解析,該相互作用親和力KD≈10 µM,與文獻(xiàn)[1,2]報(bào)道一致。在圖2中,顯示了單獨(dú)MBP和MBP-麥芽糖的疊加FIDA信號。在圖2B中,指示劑峰在麥芽糖存在下變窄。利用FIDA 泰勒分散分布圖的峰面積,可同時(shí)探測MBP的熒光強(qiáng)度在增加麥芽糖濃度時(shí)因MBP與麥芽糖結(jié)合發(fā)生的變化,即結(jié)合相關(guān)熒光強(qiáng)度變化(BRIC,Binding Realted Intensity Change)。它表明,MBP的熒光信號受麥芽糖結(jié)合的影響(圖2B),利用BRIC信號可從第二個(gè)維度解析二者親和力常數(shù)KD≈10 µM,從而實(shí)現(xiàn)結(jié)合測量的正交估計(jì)。

 


圖2.(A)由FIDA在25°C分析的MBP和麥芽糖之間的相關(guān)結(jié)合曲線。即MBP的Rh隨麥芽糖濃度(0-1000 µM)變化的函數(shù)曲線。(B)與單獨(dú)的MBP(實(shí)線)相比,當(dāng)存在麥芽糖(虛線)時(shí),指示劑峰的原始數(shù)據(jù)曲線變得更窄。

結(jié)論
本文的數(shù)據(jù)顯示了如何使用FIDA技術(shù)對蛋白質(zhì)的構(gòu)象變化進(jìn)行測量。FIDA通過測量蛋白質(zhì)的流動性半徑(5 µL樣品消耗)來深入評估活性以及局部和全局蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變化。在一個(gè)平臺,同時(shí)采用2種方法解析分子互作親和力常數(shù),正交測量,相互驗(yàn)證。

 

分子互作與穩(wěn)定性分析系統(tǒng)

FIDA技術(shù)無論在傳統(tǒng)的生物大分子、小分子互作分析,還是三元復(fù)合物,血清、血漿、粗提物中互作分析都有很好的適用性,而且在一些傳統(tǒng)互作技術(shù)具有挑戰(zhàn)性的領(lǐng)域,例如免純化樣本、脂質(zhì)體、外泌體、GPCR互作分析領(lǐng)域具有獨(dú)特的優(yōu)勢,F(xiàn)IDA技術(shù)擴(kuò)展了互作方法的應(yīng)用領(lǐng)域,非常有利于實(shí)驗(yàn)平臺進(jìn)行分子互作儀器技術(shù)升級。

FIDA技術(shù)在分子質(zhì)量表征方面同樣優(yōu)秀,一次運(yùn)行只需4微升樣品4分鐘的時(shí)間即可獲取多達(dá)8個(gè)質(zhì)量參數(shù),其中流體力學(xué)半徑(Rh)和粘度(Viscosity)為絕對數(shù)值,黏性(Stickiness)是FIDA的獨(dú)家指標(biāo),聚集和多分散系數(shù)(PDI)為量化參數(shù)。FIDA可以用在任何蛋白相關(guān)的實(shí)驗(yàn),包括蛋白質(zhì)控,蛋白穩(wěn)定性篩選、制劑篩選等常規(guī)方向,還可在液-液相分離(LLPS),冷凍電鏡樣本制備質(zhì)控、蛋白表達(dá)體系篩選等領(lǐng)域有很好的解決方案。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1. 無固定相:溶液中直接檢測分子相互作用
2. 無標(biāo)記或熒光標(biāo)記
3. 靈敏度:Rh范圍0.5-500nm
4. 分辨率:檢測到<5%Rh變化
5. 親和力范圍:pM-mM
6. 分析物上樣體積:≤4μL
7. 每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)8個(gè)質(zhì)控參數(shù)
8. 適用于各種樣本類型,包括免純化蛋白、無緩沖液限制

應(yīng)用領(lǐng)域

發(fā)布者:普瑞麥迪(北京)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)有限公司
聯(lián)系電話:4006-813-863
E-mail:hzhang@premedlab.com

標(biāo)簽: 分子互作
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