細胞培養基除菌過濾是指用戶在配置干粉培養基時，需要對配置完的培養基立即進行除菌過濾，否則會產生沉淀或有微生物污染。培養基通過微孔過濾膜后，雜質和細菌微生物都會被截流在濾膜上。進行整個操作時需要用到專門的培養基除菌過濾裝置，該儀器不同于其他過濾產品，有專門的使用場景和用途，所以在結構、原理、配置各方面都有著自身顯著特點。
       
首先，培養基除菌過濾時，需要在細胞房的超凈工作臺或者生物安全柜操作臺面內進行的，非潔凈的環境內進行操作，是無法保證過濾過程中，培養基即使通過濾膜，不會受到二次污染。所以相比于其他過濾設備，培養基除菌需要放置在較高的超凈工作臺或者生物安全柜的臺面內使用，這就對設備的原理和外形尺寸提出了一定的要求。產生負壓吸引力的泵必須是無油結構，運行時不產生油污污染、不需要接入水源（一般細胞內無法提供水源）。同時如果機體太大會占用過多的臺面空間，過濾時由于前升降玻璃的阻隔，機體太大也不方便倒入濾液。例如L100FS這款專門用于培養基除菌的過濾裝置，拋棄了就采用了傳統過濾裝置抽濾泵和過濾瓶組分離的構造，轉而采用了一體式的架構，將抽濾泵和過濾瓶組融合在一個機體內，主機內置了一臺小型無油抽濾泵，只需插電即可啟動運行。機體一側帶有過濾瓶組放置槽，可以將過濾瓶置于槽內。整機的外形尺寸僅為265×130×210mm，這樣的設計使得整臺抽濾系統可以放入操作區的臺面上，縮小了臺面占用空間，同時又便于使用人員直接操控設備的啟停等功能。
       
第二，除了設備的運行原理和外形尺寸，需要滿足在超凈工作臺和生物安全柜的使用需要外，機體還需要滿足消毒滅菌的需要。如果機器外殼本身沒有消毒，那么會污染其所在的使用環境。L100FS為了滿足這方面的應用要求，將機體外殼設計為表面圓滑、無死角、沒有散熱孔的外形。這樣就方便于使用酒精噴灑，并進行擦拭。而普通的抽濾泵沒有擦拭除菌的需要，機體外殼并不會特意考慮到擦拭的需要，甚至會帶有散熱孔。如果帶有散熱孔，再噴灑酒精時，就容易將酒精噴入，可能造成電機短路。
           
第三，過濾結束后濾液直接流入試劑瓶內保存。這是培養基除菌過濾器材和其他過濾瓶，如砂芯過濾器、布氏漏斗、錐形過濾瓶等重要區別，過濾器的漏斗部分必須采用瓶頂式架構，即過濾器的底部為GL45標準螺紋口，可以直接擰在藍蓋玻璃試劑瓶上，這樣通過濾膜的濾液直接進入試劑瓶，過濾結束后取下漏斗，擰上試劑瓶瓶蓋，就可以直接保存，不需要倒出，即方便也避免了可能產生的二次污染。L100FS的機體側面帶有一個試劑瓶固定槽，可以直接插入500ml藍蓋試劑瓶，搭配500ml的塑料瓶頂過濾器使用。這樣就可以在完成過濾的過程中，同時進行分裝。
       
第四，瓶頂過濾器也需要滿足滅菌要求。 由于瓶頂過濾器采用塑料材質制作，并不是所有的塑料材質都能耐受121高溫高壓滅菌的消毒要求，所以用戶在選購時應當注意瓶頂過濾器的耐溫性能。