安捷倫SureSelect靶向序列捕獲系統(tǒng)
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Nature Biotech封面文章:液相序列捕獲技術(shù)與高通量測序
安捷倫的SureSelect靶向序列捕獲系統(tǒng)可以顯著降低下一代測序技術(shù)(next-generation sequencing)的成本,并且可以極大程度的提高測序效率。SureSelect是一套基于安捷倫卓越的寡核苷酸合成技術(shù)的液相靶向序列捕獲系統(tǒng),是一個適用于任何規(guī)模測序研究項目的可縮放平臺。完全不同于以往其它的序列捕獲方法,SureSelect系統(tǒng)僅僅需要3 µg的基因組DNA,這意味著研究者即使對珍貴樣本也可以進(jìn)行高通量的平行靶向測序!
如圖1所示,SureSelect液相靶向序列捕獲系統(tǒng)操作流程非常簡單,絕大多數(shù)步驟都在微型離心管或者微孔板中進(jìn)行,目前已經(jīng)可以和Illumina公司的基因組測序儀完美聯(lián)用。與其它下一代測序技術(shù)的主流廠商(Life Technologies and Roche)產(chǎn)品聯(lián)用的實驗方法,很快也將正式推出。依托于安捷倫杰出的免費在線設(shè)計平臺eArray(http://earray.chem.agilent.com/eArray), 客戶可以靈活定制最適合自身需求的 序列捕獲系統(tǒng)。每套序列捕獲系統(tǒng)可以包含高達(dá)55,000條生物素標(biāo)記的RNA“誘餌”寡核苷酸序列。
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圖 1. SureSelect 靶向序列捕獲系統(tǒng)操作流程
借助eArray完成定制的序列捕獲系統(tǒng),可能包含完全不同的RNA “誘餌”寡核苷酸序列,它們的表現(xiàn)又會怎樣?為了回答這個問題,安捷倫進(jìn)行了大量的研究驗證工作。針對同一樣本的不同基因組序列區(qū)域,我們設(shè)計了多種不同的序列捕獲方案,進(jìn)行多組平行對照實驗,利用測序結(jié)果中靶向序列讀出的比率作為富集效率的評判指標(biāo)。如圖2所示,8種不同的定制序列捕獲方案所獲得的靶向序列讀出的比率在40-80%之間,意味著300-7400倍的富集效率,充分驗證了SureSelect系統(tǒng)的優(yōu)異表現(xiàn)。
圖2. SureSelect靶向序列捕獲系統(tǒng)與定制設(shè)計策略
不管序列捕獲設(shè)計方法的特異性如何優(yōu)異,因為研究人員對基因組DNA進(jìn)行隨機(jī)剪切,所以對靶向序列相鄰區(qū)域的捕獲仍然不能完全避免。但是,如圖2所示,安捷倫的SureSelect系統(tǒng)擁有極佳的序列捕獲特異性,對離開靶向序列區(qū)域200 bp以外的序列幾乎沒有捕獲。
衡量DNA測序技術(shù)的另外一個重要指標(biāo)是測序數(shù)據(jù)的覆蓋深度。較高的覆蓋深度,往往也意味著更好的辨識序列多態(tài)性的能力。圖3的測序結(jié)果表明,超過80%的序列都可以獲得20x以上的覆蓋深度,因此完全可以輕松完成利用重新測序方法對基因組特定區(qū)域中SNP的辨識。
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圖 3. SureSelect 靶向序列捕獲系統(tǒng)的覆蓋深度
產(chǎn)品信息
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SureSelect液相系統(tǒng)
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SureSelect固相系統(tǒng)
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研究
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10-1,000樣本
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1-10 樣本
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DNA起始量
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1-3 µg
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1-20 µg*
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可捕捉的序列長度 (定制試劑盒。不收設(shè)計費)
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6。6+ Mb
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1+ Mb
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安捷倫科技公司是生命科學(xué)和分析儀器系統(tǒng)的主要供應(yīng)商,向全世界的生命科學(xué)、醫(yī)藥、環(huán)保和化工領(lǐng)域的科學(xué)工作者提供服務(wù)。安捷倫科技公司為科學(xué)提供成功采集并解釋遺傳基因和化學(xué)信息所需范圍廣泛的儀器、系統(tǒng)和服務(wù)。包括樣品處理、分析及數(shù)據(jù)管理報告。我們致力于提供高標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù),提供最高的生產(chǎn)率、最大限度地節(jié)約成本并易于遵循法規(guī)要求。