生物體內(nèi)有超過(guò)三分之一的蛋白可以發(fā)生磷酸化修飾，是目前研究認(rèn)知程度較高也是研究選擇較多的翻譯后修飾。普遍參與信號(hào)傳遞與信號(hào)調(diào)控過(guò)程，在藥物靶點(diǎn)開(kāi)發(fā)、腫瘤發(fā)病機(jī)制研究、植物生長(zhǎng)發(fā)育與脅迫等領(lǐng)域中發(fā)揮重要作用。涉及磷酸化修飾的相關(guān)發(fā)文數(shù)量近幾年也非常多，那么各位科研小伙伴在研讀磷酸化修飾相關(guān)的文章時(shí)，是否發(fā)現(xiàn)文章中很多會(huì)涉及激酶分析的相關(guān)內(nèi)容呢？那么何謂激酶以及激酶分析中又有哪些關(guān)鍵內(nèi)容對(duì)于文章深度有重要影響呢?
 

激酶分析重要性

激酶(kinase)是一類(lèi)將高能供體分子(如ATP)的磷酸基團(tuán)轉(zhuǎn)移到特定靶分子(底物)的酶，其中最大的激酶族群是蛋白激酶。蛋白激酶作用于特定的蛋白，改變蛋白活性，在臨床上激酶常被作為診斷、藥物研發(fā)及疾病靶向治療的目標(biāo)靶點(diǎn)。但是激酶分析相對(duì)難度較大，涉及到激酶數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇、激酶活性預(yù)測(cè)、激酶與底物尋找、激酶藥物靶點(diǎn)注釋等多元化分析內(nèi)容，不僅需要用到的分析方法多，而且需要具備較深的背景知識(shí)，這也大大提高了磷酸化數(shù)據(jù)深度挖掘的難度。

 

中科新生命激酶分析完整解決方案

近期中科新生命針對(duì)激酶分析內(nèi)容進(jìn)行了進(jìn)一步的升級(jí)，不僅可無(wú)縫銜接多種磷酸化修飾定量組學(xué)（4D-Labelfree磷酸化、DIA磷酸化、TMT磷酸化、磷酸化+蛋白聯(lián)合分析），而且增加了多項(xiàng)激酶分析內(nèi)容，現(xiàn)在隨小編來(lái)一一揭示激酶分析的升級(jí)亮點(diǎn)。

 

亮點(diǎn)一

突破激酶分析物種限制---線蟲(chóng)、果蠅、擬南芥、小麥、水稻、玉米、番茄也可進(jìn)行激酶注釋

原有激酶分析只是在大鼠、小鼠和人物種上。此次升級(jí)，通過(guò)參考數(shù)據(jù)庫(kù)的擴(kuò)展和大量數(shù)據(jù)測(cè)試，大大突破了物種的限制，多種物種，包括線蟲(chóng)、果蠅、擬南芥、小麥、水稻、玉米、番茄均可進(jìn)行激酶注釋。

 

亮點(diǎn)二

激酶功能分析全面提升---GSEA分析激酶介導(dǎo)的關(guān)鍵信號(hào)通路

對(duì)激酶的分析，首先要從功能上對(duì)其進(jìn)行深入的解析，尋找激酶影響的磷酸化修飾蛋白所介導(dǎo)的關(guān)鍵信號(hào)通路。

磷酸化修飾組中通常采用KEGG、GO富集分析獲取差異磷酸化肽段所屬蛋白顯著富集的通路和功能，但無(wú)法知曉某條通路下差異磷酸化蛋白的總體變化趨勢(shì)，以及對(duì)應(yīng)通路的狀態(tài)（通路到底是激活還是抑制）。此外，設(shè)置差異磷酸化肽段篩選閾值可能會(huì)漏掉一些在統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上無(wú)顯著差異但實(shí)際有著重要生物學(xué)意義的蛋白。

此次升級(jí)，采用GSEA對(duì)于所有磷酸化肽段進(jìn)行分析，找到差異不顯著但磷酸化蛋白差異表達(dá)趨勢(shì)趨于一致的功能基因集，同時(shí)還能夠直觀判斷對(duì)應(yīng)通路是處于被激活或抑制狀態(tài)。具體GSEA分析如下圖所示。

 

亮點(diǎn)三

激酶作用分析進(jìn)一步升級(jí)---激酶注釋、活性分析和激酶-底物互作分析

激酶的活性狀態(tài)對(duì)于調(diào)控磷酸化修飾水平至關(guān)重要，本次升級(jí)，采用KSEA和GSEA對(duì)激酶活性狀態(tài)進(jìn)行分析和深度挖掘，便于篩選目標(biāo)激酶。此次升級(jí)的分析內(nèi)容如下圖所示。
 

 

亮點(diǎn)四

激酶臨床轉(zhuǎn)化分析的升級(jí)---激酶藥物靶點(diǎn)注釋

自20世紀(jì)80年代以來(lái)，激酶一直被認(rèn)為是潛在的藥物靶點(diǎn)，特別是基于對(duì)癌癥的進(jìn)展。目前已有數(shù)百種激酶抑制劑開(kāi)發(fā)出來(lái)并在人類(lèi)身上做了測(cè)試。

此次升級(jí)通過(guò)整合多種藥靶數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)激酶進(jìn)行了注釋?zhuān)�分析激酶中哪些已�?jīng)成為/還未成為藥靶、以及激酶對(duì)應(yīng)藥物的情況，便于老師進(jìn)行藥物靶點(diǎn)以及相關(guān)抑制劑的快速篩選。下圖為結(jié)果示例：

 

人類(lèi)蛋白激酶組可按結(jié)構(gòu)域序列間的相似性劃分為不同的group，在激酶樹(shù)上根據(jù)不同激酶的進(jìn)化距離可繪制激酶樹(shù)。此次升級(jí)中，我們整理了詳細(xì)的方法助力各位老師繪制激酶樹(shù)。

 

【中科新生命】4D-Labelfree磷酸化、TMT磷酸化的促銷(xiāo)活動(dòng)正在進(jìn)行中，促銷(xiāo)期間下單磷酸化修飾組免費(fèi)送升級(jí)后的激酶分析。歡迎感興趣的老師前來(lái)咨詢。