凝膠過濾看似非常簡單直接，其實影響凝膠過濾結果的因素很多。

影響凝膠過濾層析的多種因素

一 裝柱過程

①層析柱必須有柱頭及適配器，緊壓膠面完合沒有空隙，否則樣品上樣受影響。

②將填料裝填到空柱管中時，凝膠懸浮液不可太稠，否則很容易出氣泡；太稀裝柱時間過長，亦影響效果。50- 70%較適合。若是干粉，溶脹時間必須充足。裝前完全攪勻。

③一次性倒入層析柱中，容量不夠則需加裝柱器。切不可分幾次倒，柱效和對稱性都很難合格。

④裝柱及層析工作所用緩沖液的溫度需一樣。

⑤柱底網下的氣泡一定要除掉，可先用20%乙醇濕一下底網。

⑥每種膠在不同柱高下的裝柱流速、壓力都不一樣。一定要查詢對應的凝膠說明書，按照標準執行。

二 使用過程

①樣品需經過過濾處理，一些實驗室由于樣品凈度等問題，層析柱使用一段時間后上篩板堵塞，柱壓較高上部柱床塌縮，就會在膠面與篩板之間形成水層，分離效果就會大受影響。

②上樣前柱平衡非常重要，不光UV平穩，至少平衡一個柱體積。

③緩沖液pH值會影響分離效果，經驗中用pH7.0和pH4.5的緩沖液分離5個低分子量標準蛋白，結果頗有不同。

④加入0.15M NaCl可防止非特異性的吸附及蛋白間的聚合。